学校为了加强医学教育的管理，成立了以校长为主任委员的“中南大学医学教育指导委员会”，湘雅医学院负责医学教育整体组织和协调，本科生院医学教育办实施医学教育的管理。

中南大学医学教育指导委员会

中南大学医学教育指导委员会由校长任主任委员，主管医学的副校级领导（兼医学院院长）为副主任委员，委员会由相关校领导、部分医学二级学院和附属医院院长组成。其主要职能是在学校总体发展规划指导下，提出医学教学、科研、医疗和学科发展的规划，牵头协调医学重点建设项目的实施，对附属医院的重大建设项目进行可行性论证，提出论证意见，执行机构是湘雅医学院。

湘雅医学院

湘雅医学院院长由主管医学教育和医疗工作的副校级领导兼任，三所附属医院院长、医院管理处处长兼任湘雅医学院副院长。湘雅医学院党委会，为大学党委的派出机构。2010年新一届湘雅医学院院领导组成，院长由主管医学教育和医疗工作的副校级领导兼任，设常务副院长1人，主管教学、科研、医疗、行政副院长各1人，设立湘雅医学院党委，党委书记1人，主管学生工作副书记1人。

湘雅医学院设医学教育、医院管理处、综合办公室等职能部门，另有4个派出办公室和若干个校区办事窗口。

湘雅医学院现有基础医学院、公共卫生学院、药学院、口腔医学院、生物科学与技术学院、护理学院六个二级学院；湘雅医院、湘雅二医院、湘雅三医院三家附属医院；有医学检验系、麻醉医学系、精神卫生系、医药信息系四个系。各院系和医院均设有分管教学的副院长和教学办公室。

湘雅医学院承担湘雅校区的属地管理职能，其主要管理职能为协调和服务。上述医学院所属机构又是大学相关部处的分支机构，接受学校相关部处和医学院共同管理。医学各院系以及医院的教学、科研、医疗和学科建设等工作，由医学院提出建议，大学相关部处制定方案，医学院相应机构办公室具体组织各院系实施。综合办公室，作为校区管理部门的下设办事机构，与医学教育指导委员会下设办公室实行一套人马、两块牌子，行施湘雅医学院党委和湘雅医学院办事机构的职能，处理校区相关党务和行政事务；计划财务办公室、后勤办公室、离退休办公室和保卫办公室均为大学各职能部门校区派出办公室。

医学教育处

   医学教育办为学校本科生院下设机构，设主任1人，专职教学管理人员7人。医学教育办接受本科生院和湘雅医学院的双重领导，负责医学教学教务与运行管理、医学教育改革、教学质量控制、临床实践教学管理、临床教学基地建设等工作。

本科生院医学教育办和湘雅医学院医学教务办为两块牌子、一套工作人员，医学教育办主任同时兼任湘雅医学院教学副院长，全面负责医学教育、教学的管理工作，包括医学类本科教学计划管理与质量监控、教学运行管理、实践与实验室建设工作、医学类本科特色教育与教研教改、学籍学历注册与管理、成绩管理、考试管理等工作。

   医学教育办主任在组织制定和实施教育计划、合理调配教育资源方面拥有权利。组织协调六个二级学院、三家附属医院、四个系以及教学基地。根据医学科学发展和社会需求制订教学发展规划，及时修订、完善教学计划，并督促落实；制定了有关提高教学质量的措施和办法，全面安排医学教育的教学和学生课外活动；组织医学教育相关教学检查，对医学教育教学进行工作总结，在每年的教学院长工作会议进行专题报告。健全了教学指挥系统，医学教育处、教研室发挥各自的职能，使教学有条不紊地进行。